Inicjacja transkrypcji u E.coli

Genetyka w życiu człowieka, zwierząt, roślin i innych organizmów to najczęściej poruszane tematy na forum genetyki
szymon
Posty: 73
Rejestracja: 12 wrz 2008, o 17:52

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: szymon »

malgosi35 pisze:Poziom (wiedzy) i dojrzałość dyskutanta ma wiele do rzeczy, stąd moje pytanie. Chcę wiedzieć z kim dyskutuję.
Pozwolisz,że to pozostanie moja słodką tajemnicą,bo nic nie wnosi do dyskusji-rozmawiamy o konkretnym problemie ,a nie o wlasnych tytułach naukowych.Nie one przecież sa odpowiedzią na moje pytanie,ale żywi i poszukujacy ludzie ,otwarci na nowe wyzwania,czesto zaskakujace.
malgosi35 pisze:Głód wiedzy jest jak najbadziej chwalebną cechą, ale z analizy postów w tym temacie wnoszę, że nasze odpowiedzi są przez Ciebie odrzucane, jeśli nie zgadzają się z tym co znalazłeś w internecie.
Sposób argumentacji w postach jest dla mnie wysoce niewystarczajacy:brakuje mi w nich czesto odniesienia się do meritum problemu poprzez zakwestionowanie dowodów ,ktore przedstawiłem.Krotko mówiąc sa to argumenty z naszej niewiedzy,a nie z tego co juz wiemy.Przedstawiam ,przynajmiej staram sie,aktualny stan wiedzy w tej materii-i to on jest z niezrozumiałych wzgledów odrzucany.
Czyzby wybitni autorzyBiologii molekularnej bakterii byli tacy niedoinformowani,skoro w ich publikacji model inicjacji transkrypcji promotorów konstytutywnych nie uwzglednia ,ani nie tłumaczy sie obecnoscią hipotetycznych(nieodkrytych,nieoznaczonych itd) TF i jeszcze wiekszą iloscia ich oddzialywań:wystarczy siła promotora plus specyficzna podjednostka.
Na moje argumenty ,jak na razie ,i czemu sie dziwie ,nie ma odpowiedzi merytorycznej np.odeslanie do linku w PubMed,gdzie moglbym znależć tam odpowiedż.Sa natomiast powielane odpowiedzi w stylu-nie wszystko jeszcze wiemy,a nawet odpowiedzi dziwne -wszystkie geny wymagają czynników trans-co u E.coli przy dzisiejszym stanie wiedzy jest nieprawdziwe i świadczy o tym,że dana osoba chyba do konca tego nie przemyslała.
Awatar użytkownika
malgosi35
Posty: 3706
Rejestracja: 13 lut 2007, o 13:01

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: malgosi35 »

szymon pisze:Pytanie :w jaki sposób RNAP wybiera ten własciwy promotor ,a pomija inne? Czym się kieruje enzym w odnalezieniu tegosłusznego"skoro zarowno sekwencje jak i odleglosci miedzy nimi prowadziłyby do błędnej inicjacji transkrypcji.
Może nie wybiera. Może ważne jest co się dzieje dalej. A może to co wcześniej, czyli wzór metylacji DNA, itp.
szymon
Posty: 73
Rejestracja: 12 wrz 2008, o 17:52

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: szymon »

malgosi35 pisze:Może nie wybiera
To oczywiste ,że holoenzym musi wybrać ,czyli rozpoznać i związać promotor,a oznacza to powstanie tzw.dwuskładnikowego kompleksu zamkniętego.To tylko jeden z kilku etapów inicjacji transkrypcji,gdzie kluczową rolę pełni promotor,ale również sekwencje powyżej bloku -35 tzw.UP -element, oraz sekwencja TGn pomiedzy blokami -35 i -10.

malgosi35 pisze:Może ważne jest co się dzieje dalej.
To prawda,że elongacja ma wpływ na ekspresję ,ale bez spojnego wyjasnienia mechanizmu(sposobu) wyboru własciwego promotora,dalsze etapy są sprawą drugorzędną.Prawdę mówiąc nie wiem ,co masz na mysli pisząc to,i jaki to ma konkretny,bezposredni zwiazek z poruszonym przeze mnie problemem. W jaki sposób ,to co sie dzieje pozniej,wpływa na wybor promotora,to chyba jakis nowy mechanizm inicjacj transkrypcji i z checia go poznam
malgosi35 pisze:A może to co wcześniej, czyli wzór metylacji DNA, itp.
Wzór metylacji to owszem ma wpływ,ale na replikację.Przykłady regulacji transkrypcji przez metylację DNA są wyjatkowo nieliczne np.promotory transpozonów,faga P1 ,gen dnaA,co wobec ok 2000 promotorów stanowi absolutny margines.Zresztą bez tej regulacji inicjacja też zachodzi,ale słaboBiologia str 317.To chyba nie jest dobry kierunek,raczej nalezy go szukać w specyficznych sekwencjach promotorowych wraz z dodatkami np.UP -elementstrukturze DNA,czynnikach trans.Niestety TF nie wyjasniaja same przez się: dlaczego te TF ,a nie inne sa rekrutowane do takiego ,a nie innego promotora(czyli musi byc on okreslony-przez co?)w taki ,a nie inny sposób.Wielośc sposobów regulacji przez TF jest bogata ,o czym jest tez ten artykuł np.ten sam TF w jednym operonie jest aktywatorem a w innym represorem itp.
Swoją drogą to dziwne,że typowy organizm modelowy ,chyba najlepiej przebadany-nie ma wciąż wyjasnionego mechanizmu ,o który pytam
Awatar użytkownika
malgosi35
Posty: 3706
Rejestracja: 13 lut 2007, o 13:01

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: malgosi35 »

szymon pisze:Wzór metylacji to owszem ma wpływ,ale na replikację
Poczytaj jeszcze trochę.
Może nie wybiera. Może ważne jest co się dzieje dalej.
Czytaj łącznie,nierozłącznie.
Jakusz
Posty: 2313
Rejestracja: 8 sty 2007, o 22:03

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: Jakusz »

szymon pisze:Wzór metylacji to owszem ma wpływ,ale na replikację.Przykłady regulacji transkrypcji przez metylację DNA są wyjatkowo nieliczne np.promotory transpozonów,faga P1 ,gen dnaA,co wobec ok 2000 promotorów stanowi absolutny margines.
Co ty opowiadasz. Metylacja DNA (imprinting) ma wpływ np. na ekspresję genów i produkcję insulinopodobnego czynnika wzrostu II u ludzkich płodów. Zaburzenia spowodowane właśnie metylacją są przyczyna syndromu Beckwitha-Wiedemanna. Nie ma to żadnego związku z replikacją, tylko właśnie z transkrypcją. Jest wiele genów regulowanych w ten sposób - wciąż to badamy. U roślin natomiast, to usuwanie metylacji z niektórych genów daje sygnał to ich wyłączania. A co z regulacją u bakterii? Przecież gdyby nie cały system modyfikacyjno-restrykcyjny komórki bakteryjne by nie działały. i ty mówisz, że metylacja ma wpływ tylko an replikację. eh.
szymon
Posty: 73
Rejestracja: 12 wrz 2008, o 17:52

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: szymon »

malgosi35 pisze:Poczytaj jeszcze trochę.
Rozumiem,że chcesz mi udzielić dobrej rady-to cenne,ale wolałbym i toby mnie ucieszyło ,gdybys sie odnosiła ad rem,a nie stosowała uniki .Doradzanie to nie jest chyba to,o co pytałem,ale rozumiem,że potrzebujesz czasu,aby mi odpowiedzieć.Nie spiesz się .
Mam nadzieję,że poza doradzaniem zaproponujesz wiecej konkretów w stosunku do tego,co napisałem np.wykazesz,że gdzieś pobłądziłem-takie cenne uwagi,są dla mnie istotne.Wciąż się tylko uczę i liczę na wyrozumiałość i chęci do dzielenia się wiedzą osób ode mnie bardziej kompetentnych-moze na tym forum ich spotkam?

[ Dodano: Pon Maj 04, 2009 19:01 ]
JakubikF pisze:Co ty opowiadasz. Metylacja DNA (imprinting) ma wpływ np. na ekspresję genów i produkcję insulinopodobnego czynnika wzrostu II u ludzkich płodów. Zaburzenia spowodowane właśnie metylacją są przyczyna syndromu Beckwitha-Wiedemanna. Nie ma to żadnego związku z replikacją, tylko właśnie z transkrypcją.
Jak na razie przedmiotem moich pytań i analiz jest ekspresja genomu E.coli,a nie eukariota.
Omówione procesy nie wystepuja u tej bakterii, o ile mi wiadomo.
To ,że metylacja ma zwiazek z replikacja u E.coli to fakt podrecznikowy-polecam rzeczonąBiologię molekularna bakterii"str 261 nn,chyba ,że autorka rozdziału - prof. dr hab. Krystyna Izabella Wolska specjalizacja genetyka bakterii się myli.
Wszystko jest mozliwe.
yeast
Posty: 2248
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: yeast »

szymon pisze:czesto wymagajaca dużo pokory i przede wszystkim wiedzy
No właśnie. Twoje wypowiedzi wskazują na to, że nie do końca rozumiesz znaczenie danych, które cytujesz.
szymon
Posty: 73
Rejestracja: 12 wrz 2008, o 17:52

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: szymon »

Wszystko jest mozliwe.
Ale chyba to nie jest temat poruszony przeze mnie i nie wiem jak sie wiążę z tym,co napisałem,ale rozumiem- to takie lużne rozwazania.
Jak na razie, szanowni specjalisci na tym forum ,nie potrafia udzielic mi kompetentnej odpowiedzi,a jedynie posilkują się retoryką w stylu:może to,może tamto,nie wszystko wykryto.
No i doradzanie vel pouczanie-to zawsze powinno podzialać na niesfornego ciekawskiego,ale na mnie to nie jest dobre remedium
Jakusz
Posty: 2313
Rejestracja: 8 sty 2007, o 22:03

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: Jakusz »

szymon pisze:Omówione procesy nie wystepuja u tej bakterii, o ile mi wiadomo.
"Wkopałeś się i to nieziemsko. Widać, że zwyczajnie nie znasz tematu na tyle, na ile myślisz, że znasz. Metylacja nie występuje u E. coli? A o jakiej planecie mówimy? I dalej twierdzisz, że nie ma to wpływu na transkrypcję, albo, że ten proces w ogóle nie występuje? Otóż u E. coli zarówno replikacja, procesy naprawy DNA oraz wyrażanie niektórych genów JEST regulowane przez metylację w genomie. Metylację przeprowadza np. metylaza Dam, działająca szczególnie chętnie na sekwencje GATC. Źródła różnie podają, ale tak regulowanych genów jest około 300 (tzn. tyle naliczono, a może być więcej).

szymon pisze:To ,że metylacja ma zwiazek z replikacja u E.coli to fakt podrecznikowy-polecam rzeczonąBiologię molekularna bakterii"str 261 nn,chyba ,że autorka rozdziału - prof. dr hab. Krystyna Izabella Wolska specjalizacja genetyka bakterii się myli.
Nieprecyzyjnie się wyraziłem. Chciałem zauważyć, że metylacja ma wpływ na ekspresję, a to, że ma wpływ na replikację to druga kwestia.

[ Dodano: Pon Maj 04, 2009 20:20 ]
Dodatkowo jak już wspomniałem cały genom jest zmetylowany w różnych miejscach, a przede wszystkim tych, które byłby cięte przez restryktazy (występujące w komórkach bakterii). Odpowiadające im metylazy muszą w komórkach istnieć - mutacje w genach metylaz są letalne, bo produkowane restryktazy szatkują genom.
yeast
Posty: 2248
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: yeast »

szymon pisze:nie potrafia udzielic mi kompetentnej odpowiedzi,a jedynie posilkują się retoryką w stylu:może to,może tamto,nie wszystko wykryto.
A przyszło ci do głowy, że może rzeczywiścienie wszystko wykryto". Osoby na forum wskazują ci tylko na najbardziej prawdopodobne wyjaśnienie twojego problemu. A ty szukasz dziury w całym.
Jakusz
Posty: 2313
Rejestracja: 8 sty 2007, o 22:03

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: Jakusz »

szymon pisze:Wciąż się tylko uczę i liczę na wyrozumiałość i chęci do dzielenia się wiedzą osób ode mnie bardziej kompetentnych
Ja się nie czuję ani mniej, ani bardziej kompetentny. Obaj mamy dostęp do tych samych źródeł, ale ty po prostu zakładasz, że wiesz więcej, bo przeczytałeś to czy owo źródło (chyba nieuważnie), zakładasz również, że jeśli ktoś nie zgadza się z Twoimi tezami, jest po prostu ignorantem. A powyżej można zobaczyć, jak usilnie próbujesz nagiąć rzeczywistość do swoich tez, gdyż pomijasz istotne fakty procesu, którym się interesujesz.
yeast
Posty: 2248
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: yeast »

szymon pisze:Oczywiscie,że same sekwencje nie wystarczą-potrzbne sa jeszcze specyficzne białka np.sigma 70.
Oraz inne białka. Rzadko się zdarza, że za kontrolę danego procesu w komórce odpowiada tylk jedno białko.
Jakusz
Posty: 2313
Rejestracja: 8 sty 2007, o 22:03

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: Jakusz »

szymon pisze:np.wykazesz,że gdzieś pobłądziłem
No toż już napisano kilka postów temu, że Twoje założenia są bardzo.śliskie".
ODPOWIEDZ
  • Podobne tematy
    Odpowiedzi
    Odsłony
    Ostatni post

Kto jest online

Użytkownicy przeglądający to forum: Obecnie na forum nie ma żadnego zarejestrowanego użytkownika i 1 gość