Czuję zakłopotanie i rozbawienie czytając Twoją krytykę mojego postu.To ciekawe,że mozna czytać moj post i nie widzieć tego,co w nim jestJakubikF pisze:Metylacja nie występuje u E. coli? A o jakiej planecie mówimy? I dalej twierdzisz, że nie ma to wpływu na transkrypcję, albo, że ten proces w ogóle nie występuje?
a).Pisałem,że metylacja wystepuje u E.coli -podając nawet odnosniki do literatury:
b)Pisałem,że ma wplyw na transkrypcję ,a nawet podałem przykłady:szymon pisze:To ,że metylacja ma zwiazek z replikacja u E.coli to fakt podrecznikowy-polecam rzeczonąBiologię molekularna bakterii"str 261 nn,
Mozna jedynie dyskutować o jej zasiegu u E.coli, w porównanu do liczby genów nie regulowanych w ten sposób:przyznasz ,ze stanowi niewielki procent w stosunku do wszystkich promotorów ."Biologia molekularna.":Przykłady regulacji transkrypcji przez metylację DNA są wyjatkowo nieliczne np.promotory transpozonów,faga P1 ,gen dnaA
Tak twierdzi specjalistka w tej dziedzinie- prof.Wolska.Może masz jakieś inne dane dobrze udokumentowane-z checia poznam ,bo piszesz np:Przykłady regulacji transkrypcji zwiazane z metylacją nie są zbyt liczne
Zwlaszcza ciekawi mnie mechanizm tej regulacji tzn.jaki on ma wpływ na inicjacje transkrypcji,czyli wybór konkretnego promotora.JakubikF pisze:Źródła różnie podają, ale tak regulowanych genów jest około 300 (tzn. tyle naliczono, a może być więcej
Pisząc:
Miałem na mysli oczywiscie nie to,że metylacja nie wystepuje(bo przeciez podałem konktetne dane),ale jedynie to,że nie powoduja takich zmian np produkcja insulinopodobnego czynnika wzrostu ,czyli efekt jest inny,choc proces taki sam.Stąd prawdopodobnie to nieporozumienie-wyraziłem sie wtedy niejasno,skrótowo.Omówione procesy nie wystepuja u tej bakterii, o ile mi wiadomo
a)Tylko,ze takiego hipotetyczne wyjasnienie nie spotkałem np.w tak specjalistycznej książce"Biologia."-stąd moje watpliwości .Ewidentny deficyt miejsc wiazania TF u E.coli autorzy tej wybitnej publikacji nie tlumaczą nieoznaczonymi(jeszcze),badż nie wykrytymi TF,ale widocznie uznają ,że taka jest specyfika inicjacji transkrypcji tej bakterii-obywa sie ona na setkach promotorów bez TF.To chyba racjonalne podejscie,skoro uznajemy ,ze genomy drozdzy i E.coli są różne,ale równie kompetentnie i dociekliwie badane pod tym kątem,a mimo dają znaczace róznice(a przeciez genom e.coli jest mniejszy i ma mniejszą liczbę genów,TF itd.,czyli powinno sie łatwiej wykryć potencjalne miejsca wiazania TF),czyli wniosek moze byc wlasnie taki-transkrypcja zachodzi często bez pomocy TF.yeast pisze: Osoby na forum wskazują ci tylko na najbardziej prawdopodobne wyjaśnienie twojego problemu. A ty szukasz dziury w całym.
Poza tym uznając,że zachodzi ona w ten sposób chcę ulatwic zrozumienie tego procesu.Wprowadzania dodatkowych TF przed promotorem,co oczywiscie ma miejsce w wielu operonach i regulonach,tylko komplikuje ,o czym juz zreszta pisałem dlaczego ,ten proces,bo wymaga wyjasnienia- skad one sie tam biorą itd ?
Przepraszam,ale gdzie tak pisałem?To,że w niektorych sprawach się róznimy ,nie uprawnia mnie w zaden sposób do nazywania kogokolwiek z Was ignorantami-chcę ,zeby to było jasne.Jakie istotne fakty procesu inicjacji trakskrypcji pomijam?JakubikF pisze: Obaj mamy dostęp do tych samych źródeł, ale ty po prostu zakładasz, że wiesz więcej, bo przeczytałeś to czy owo źródło (chyba nieuważnie), zakładasz również, że jeśli ktoś nie zgadza się z Twoimi tezami, jest po prostu ignorantem. A powyżej można zobaczyć, jak usilnie próbujesz nagiąć rzeczywistość do swoich tez, gdyż pomijasz istotne fakty procesu, którym się interesujesz.
Pewne rzeczy upraszczam,ale to chyba niezbedne przy wstepnych analizach.
Jasne,ale z czym konkretnie polemizujesz,bo nigdzie nie pisałem,ze za inicjację transkrypcji(a o tym,powtarzam,mówimy) odpowiada jedno białko,ale kompleks białek np polimeraza RNA składa się z 4 białek.Nie poruszam problemu :na jakich poziomach może byc regulowana transkrypcja u E .coli,ale tylko: na jednym z jej etapów ,i to tylko w odniesieniu do promotorów konstytutywnych dla sigma 70yeast pisze: szymon napisał/a:
Oczywiscie,że same sekwencje nie wystarczą-potrzbne sa jeszcze specyficzne białka np.sigma 70.
Yeast pisze:
Oraz inne białka. Rzadko się zdarza, że za kontrolę danego procesu w komórce odpowiada tylk jedno białko.
szymon napisał/a:
np.wykazesz,że gdzieś pobłądziłem
Nie wiem,co masz na mysli konkretnie?Pytanie o jakie zalozenia(moje) chodzi?A moze to jest tak,ze niektórzy z Was,coś zakładają,ale nie potrafia tego literaturowo udokumentowac,a jedynie ekstrapolują wyniki badań z eukariota na e.coli-skoro tam wszystkie geny sa reguowane przez TF ,to tu tez musi tak byc-ale niby dlaczego- musi?Dzisiejszy stan wiedzy chyba nie uprawnia do takich ekstrapolacji,ale moze sie mylę, i myla sie autorzyBiologi".JakubikF pisze: No toż już napisano kilka postów temu, że Twoje założenia są bardzo.śliskie".
szymon napisał/a:
To prawda,że elongacja ma wpływ na ekspresję ,ale bez spojnego wyjasnienia mechanizmu(sposobu) wyboru własciwego promotora,dalsze etapy są sprawą drugorzędną.
Drugorzedna z punktu widzenia problemu,który poruszam:na jakich poziomach może byc regulowana transkrypcja u E .coli,ale tylko na jednym z jej etapów ,i to tylko w odniesieniu do promotorów konstytutywnych dla sigma 70.Drugorzedna, to nie oznacza nieistotna dla mnie ,ze jest nieistotna.Elongacja Jest wazna dla samego procesu transkrypcji,ale nie tlumaczy ,o ile wiem,samej inicjacji.To dwa różne,choc powiazane ze soba procesy.yeast pisze: Drugorzędną? Może dla ciebie, na pewno nie dla komórki.
szymon napisał/a:
Wzór metylacji to owszem ma wpływ,ale na replikację.
yeast pisze: Przpepraszam, ale zwinęłam się ze śmiechu. Naucz się najpierw podstaw biologii molekularnej, bo nie znasz podstaw.
Pisałem juz ,że wystepuje -proszę uwaznie czytac moje posty,a nie wybiorczoyeast pisze:Czyżby? Metylacja nie występuje u bakterii?
Czyzbyś sugerowała,ze metylacja nie ma wpływu na replikację ?
Gdybym miał ,to bym nie pytał na tym forum.Moja hipoteza opierala się na zalozeniu o nadrzędnej roli promotora w inicjacji transkrypcji,o czym przekonywała mnie relatywnie wysoka skuteczność programu Bprom,ale niestety tylko w bliskiej odleglosci od genu -ok 200-300 pz. Przy analizie całych operonów zaczyna on sie czesto gubić tzn wskazuje alternatywne promotory ,nie wiedziec czemu nieaktywne transkrypcyjnieNa razie to wytlumaczen nie znalazłem,poza hipoteza o brakujacych,nieoznaczonych TF .Tylko co z tego wynika dla problemu,który poruszylem?Nie wiemy ,jak jest ,ale pewnie brakuje Tf,i one ,rzekomo maja to wyjasnic-to chyba wszystko,co macie to zaproponowania w tej kwestii,ale moze sie myle.yeast pisze:Szymon, jeśli nie podobają ci się nasze wytłumaczenia, zaproponuj alternatywną testowalną hipotezę.
Powtarzam:TF reguluja inicjację transkrypcji-to fakt.Tylko,co reguluje działanie TF w wiazaniu do okreslonego promotora.
Przeciez mozemy przeanalizować jakis przykladowy operon w ten sposób regulowany i sprobowac wyjasnić mechanizm tego procesu-zachecam wszystkich do wspolnych ,frapujacych poszukiwań na tym polu .Prosze podać jakiś operon(ja podalem regulowany przez TF Fis)i wezmiemy gona warsztat".Zobaczymy ,co nam sie uda na jego przykladzie wyjasnić w tej kwestii-moze to byc pouczajace.
O tym wszystkim szanowna Pani Małgorzato,myslę że trochę wiem.Pytanie ,jak ta wiedzę zastosować do konkretnych przykladów,bo przecież komórka E.coli nie stosuje tej ogolen wiedzy,ale ją konkretyzuje przy pomocy zintegrowanych i selektywnych mechanizmów-i takie poszukuję.Chyba to zbyt ambitny plan,ale może spróbujemy.malgosi35 pisze:Dałam Ci niezbędne wskazówki. Transktrpcja nie kończy się na rozpoznaniu sekwencji promotorowej, jak również się do niej nie ogranicza. Sekwencja promotorowa może zostać nierozpoznana, mimo że jest. Mechnizmów jest wiele, część rozpoznanych i opisanych, część hipotetycznych.
Ironie uwazam za cenny wklad w dyskusje ,aby nie byla ona taka sztywna,choc z mojej strony jest powsciagliwa.Nikogo tutaj nie traktuje z wyzszoscią,bo nie mam po temu podstaw.Jedynie niektore uwagi odpieram jako zlosliwe pouczanie,ale tak to czuję,tym bardziej ,że sa ogolnikowe.malgosi35 pisze:Występujesz z pozycji: wiem wszystko. Próby naprowadzenia Cię, traktujesz z wyższością i ironią (patrz cytat), lub jakoatak nasiebie. To chyba troszkę nie tak powinno być.
Wciąż zapraszam do wspolnych poszukiwań na konkretnych przykładach.Jesli ktos sie poczuł obrazony przeze mnie ,to nie bylo to moja intencja ,i z gory przepraszam.
pozdrawiam