Inicjacja transkrypcji u E.coli

Genetyka w życiu człowieka, zwierząt, roślin i innych organizmów to najczęściej poruszane tematy na forum genetyki
yeast
Posty: 2248
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: yeast »

szymon pisze:Oczywiscie,że same sekwencje nie wystarczą-potrzbne sa jeszcze specyficzne białka np.sigma 70.
Oraz inne białka. Rzadko się zdarza, że za kontrolę danego procesu w komórce odpowiada tylk jedno białko.
Jakusz
Posty: 2313
Rejestracja: 8 sty 2007, o 22:03

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: Jakusz »

szymon pisze:np.wykazesz,że gdzieś pobłądziłem
No toż już napisano kilka postów temu, że Twoje założenia są bardzo.śliskie".
yeast
Posty: 2248
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: yeast »

szymon pisze:To prawda,że elongacja ma wpływ na ekspresję ,ale bez spojnego wyjasnienia mechanizmu(sposobu) wyboru własciwego promotora,dalsze etapy są sprawą drugorzędną.
Drugorzędną? Może dla ciebie, na pewno nie dla komórki.
szymon pisze:Wzór metylacji to owszem ma wpływ,ale na replikację.
Przpepraszam, ale zwinęłam się ze śmiechu. Naucz się najpierw podstaw biologii molekularnej, bo nie znasz podstaw.
szymon pisze:Jak na razie przedmiotem moich pytań i analiz jest ekspresja genomu E.coli,a nie eukariota.
Czyżby? Metylacja nie występuje u bakterii? Przez dłuższy czas wydawało się, że bakterie nie mają enhancerów i kinaz Ser/Thr. Okazało się inaczej.

[ Dodano: Pon Maj 04, 2009 20:51 ]
Szymon, jeśli nie podobają ci się nasze wytłumaczenia, zaproponuj alternatywną testowalną hipotezę.
Awatar użytkownika
malgosi35
Posty: 3706
Rejestracja: 13 lut 2007, o 13:01

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: malgosi35 »

szymon pisze:Rozumiem,że chcesz mi udzielić dobrej rady-to cenne,ale wolałbym i toby mnie ucieszyło ,gdybys sie odnosiła ad rem,a nie stosowała uniki .Doradzanie to nie jest chyba to,o co pytałem,ale rozumiem,że potrzebujesz czasu,aby mi odpowiedzieć.Nie spiesz się .
Mam nadzieję,że poza doradzaniem zaproponujesz wiecej konkretów w stosunku do tego,co napisałem np.wykazesz,że gdzieś pobłądziłem-takie cenne uwagi,są dla mnie istotne.Wciąż się tylko uczę i liczę na wyrozumiałość i chęci do dzielenia się wiedzą osób ode mnie bardziej kompetentnych-moze na tym forum ich spotkam?
Wybacz
Nie będę przepisywała czy streszczała Ci podręczników.
Dałam Ci niezbędne wskazówki. Transktrpcja nie kończy się na rozpoznaniu sekwencji promotorowej, jak również się do niej nie ogranicza. Sekwencja promotorowa może zostać nierozpoznana, mimo że jest. Mechnizmów jest wiele, część rozpoznanych i opisanych, część hipotetycznych.
Interesuje Cię metylacja czynnego transkrypcyjnie DNA, chętnie Ci opiszę ten mechanizm, inne modyfikacje DNA i białek. itd, itp.
OK. Nie ma sprawy. tylko że mi się nie chce. Weż jakąś genetykę molekularną i sobie poczytaj.

Jak będziesz miał szczegółowe pytania chętnie odpowiem.

PS.
Występujesz z pozycji: wiem wszystko. Próby naprowadzenia Cię, traktujesz z wyższością i ironią (patrz cytat), lub jakoatak nasiebie. To chyba troszkę nie tak powinno być.
szymon
Posty: 73
Rejestracja: 12 wrz 2008, o 17:52

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: szymon »

JakubikF pisze:Metylacja nie występuje u E. coli? A o jakiej planecie mówimy? I dalej twierdzisz, że nie ma to wpływu na transkrypcję, albo, że ten proces w ogóle nie występuje?
Czuję zakłopotanie i rozbawienie czytając Twoją krytykę mojego postu.To ciekawe,że mozna czytać moj post i nie widzieć tego,co w nim jest
a).Pisałem,że metylacja wystepuje u E.coli -podając nawet odnosniki do literatury:
szymon pisze:To ,że metylacja ma zwiazek z replikacja u E.coli to fakt podrecznikowy-polecam rzeczonąBiologię molekularna bakterii"str 261 nn,
b)Pisałem,że ma wplyw na transkrypcję ,a nawet podałem przykłady:
Przykłady regulacji transkrypcji przez metylację DNA są wyjatkowo nieliczne np.promotory transpozonów,faga P1 ,gen dnaA
Mozna jedynie dyskutować o jej zasiegu u E.coli, w porównanu do liczby genów nie regulowanych w ten sposób:przyznasz ,ze stanowi niewielki procent w stosunku do wszystkich promotorów ."Biologia molekularna.":
Przykłady regulacji transkrypcji zwiazane z metylacją nie są zbyt liczne
Tak twierdzi specjalistka w tej dziedzinie- prof.Wolska.Może masz jakieś inne dane dobrze udokumentowane-z checia poznam ,bo piszesz np:
JakubikF pisze:Źródła różnie podają, ale tak regulowanych genów jest około 300 (tzn. tyle naliczono, a może być więcej
Zwlaszcza ciekawi mnie mechanizm tej regulacji tzn.jaki on ma wpływ na inicjacje transkrypcji,czyli wybór konkretnego promotora.
Pisząc:
Omówione procesy nie wystepuja u tej bakterii, o ile mi wiadomo
Miałem na mysli oczywiscie nie to,że metylacja nie wystepuje(bo przeciez podałem konktetne dane),ale jedynie to,że nie powoduja takich zmian np produkcja insulinopodobnego czynnika wzrostu ,czyli efekt jest inny,choc proces taki sam.Stąd prawdopodobnie to nieporozumienie-wyraziłem sie wtedy niejasno,skrótowo.
yeast pisze: Osoby na forum wskazują ci tylko na najbardziej prawdopodobne wyjaśnienie twojego problemu. A ty szukasz dziury w całym.
a)Tylko,ze takiego hipotetyczne wyjasnienie nie spotkałem np.w tak specjalistycznej książce"Biologia."-stąd moje watpliwości .Ewidentny deficyt miejsc wiazania TF u E.coli autorzy tej wybitnej publikacji nie tlumaczą nieoznaczonymi(jeszcze),badż nie wykrytymi TF,ale widocznie uznają ,że taka jest specyfika inicjacji transkrypcji tej bakterii-obywa sie ona na setkach promotorów bez TF.To chyba racjonalne podejscie,skoro uznajemy ,ze genomy drozdzy i E.coli są różne,ale równie kompetentnie i dociekliwie badane pod tym kątem,a mimo dają znaczace róznice(a przeciez genom e.coli jest mniejszy i ma mniejszą liczbę genów,TF itd.,czyli powinno sie łatwiej wykryć potencjalne miejsca wiazania TF),czyli wniosek moze byc wlasnie taki-transkrypcja zachodzi często bez pomocy TF.
Poza tym uznając,że zachodzi ona w ten sposób chcę ulatwic zrozumienie tego procesu.Wprowadzania dodatkowych TF przed promotorem,co oczywiscie ma miejsce w wielu operonach i regulonach,tylko komplikuje ,o czym juz zreszta pisałem dlaczego ,ten proces,bo wymaga wyjasnienia- skad one sie tam biorą itd ?
JakubikF pisze: Obaj mamy dostęp do tych samych źródeł, ale ty po prostu zakładasz, że wiesz więcej, bo przeczytałeś to czy owo źródło (chyba nieuważnie), zakładasz również, że jeśli ktoś nie zgadza się z Twoimi tezami, jest po prostu ignorantem. A powyżej można zobaczyć, jak usilnie próbujesz nagiąć rzeczywistość do swoich tez, gdyż pomijasz istotne fakty procesu, którym się interesujesz.
Przepraszam,ale gdzie tak pisałem?To,że w niektorych sprawach się róznimy ,nie uprawnia mnie w zaden sposób do nazywania kogokolwiek z Was ignorantami-chcę ,zeby to było jasne.Jakie istotne fakty procesu inicjacji trakskrypcji pomijam?
Pewne rzeczy upraszczam,ale to chyba niezbedne przy wstepnych analizach.
yeast pisze: szymon napisał/a:
Oczywiscie,że same sekwencje nie wystarczą-potrzbne sa jeszcze specyficzne białka np.sigma 70.
Yeast pisze:
Oraz inne białka. Rzadko się zdarza, że za kontrolę danego procesu w komórce odpowiada tylk jedno białko.
Jasne,ale z czym konkretnie polemizujesz,bo nigdzie nie pisałem,ze za inicjację transkrypcji(a o tym,powtarzam,mówimy) odpowiada jedno białko,ale kompleks białek np polimeraza RNA składa się z 4 białek.Nie poruszam problemu :na jakich poziomach może byc regulowana transkrypcja u E .coli,ale tylko: na jednym z jej etapów ,i to tylko w odniesieniu do promotorów konstytutywnych dla sigma 70
szymon napisał/a:
np.wykazesz,że gdzieś pobłądziłem
JakubikF pisze: No toż już napisano kilka postów temu, że Twoje założenia są bardzo.śliskie".
Nie wiem,co masz na mysli konkretnie?Pytanie o jakie zalozenia(moje) chodzi?A moze to jest tak,ze niektórzy z Was,coś zakładają,ale nie potrafia tego literaturowo udokumentowac,a jedynie ekstrapolują wyniki badań z eukariota na e.coli-skoro tam wszystkie geny sa reguowane przez TF ,to tu tez musi tak byc-ale niby dlaczego- musi?Dzisiejszy stan wiedzy chyba nie uprawnia do takich ekstrapolacji,ale moze sie mylę, i myla sie autorzyBiologi".

szymon napisał/a:
To prawda,że elongacja ma wpływ na ekspresję ,ale bez spojnego wyjasnienia mechanizmu(sposobu) wyboru własciwego promotora,dalsze etapy są sprawą drugorzędną.
yeast pisze: Drugorzędną? Może dla ciebie, na pewno nie dla komórki.
Drugorzedna z punktu widzenia problemu,który poruszam:na jakich poziomach może byc regulowana transkrypcja u E .coli,ale tylko na jednym z jej etapów ,i to tylko w odniesieniu do promotorów konstytutywnych dla sigma 70.Drugorzedna, to nie oznacza nieistotna dla mnie ,ze jest nieistotna.Elongacja Jest wazna dla samego procesu transkrypcji,ale nie tlumaczy ,o ile wiem,samej inicjacji.To dwa różne,choc powiazane ze soba procesy.
szymon napisał/a:
Wzór metylacji to owszem ma wpływ,ale na replikację.
yeast pisze: Przpepraszam, ale zwinęłam się ze śmiechu. Naucz się najpierw podstaw biologii molekularnej, bo nie znasz podstaw.
yeast pisze:Czyżby? Metylacja nie występuje u bakterii?
Pisałem juz ,że wystepuje -proszę uwaznie czytac moje posty,a nie wybiorczo
Czyzbyś sugerowała,ze metylacja nie ma wpływu na replikację ?

yeast pisze:Szymon, jeśli nie podobają ci się nasze wytłumaczenia, zaproponuj alternatywną testowalną hipotezę.
Gdybym miał ,to bym nie pytał na tym forum.Moja hipoteza opierala się na zalozeniu o nadrzędnej roli promotora w inicjacji transkrypcji,o czym przekonywała mnie relatywnie wysoka skuteczność programu Bprom,ale niestety tylko w bliskiej odleglosci od genu -ok 200-300 pz. Przy analizie całych operonów zaczyna on sie czesto gubić tzn wskazuje alternatywne promotory ,nie wiedziec czemu nieaktywne transkrypcyjnieNa razie to wytlumaczen nie znalazłem,poza hipoteza o brakujacych,nieoznaczonych TF .Tylko co z tego wynika dla problemu,który poruszylem?Nie wiemy ,jak jest ,ale pewnie brakuje Tf,i one ,rzekomo maja to wyjasnic-to chyba wszystko,co macie to zaproponowania w tej kwestii,ale moze sie myle.
Powtarzam:TF reguluja inicjację transkrypcji-to fakt.Tylko,co reguluje działanie TF w wiazaniu do okreslonego promotora.
Przeciez mozemy przeanalizować jakis przykladowy operon w ten sposób regulowany i sprobowac wyjasnić mechanizm tego procesu-zachecam wszystkich do wspolnych ,frapujacych poszukiwań na tym polu .Prosze podać jakiś operon(ja podalem regulowany przez TF Fis)i wezmiemy gona warsztat".Zobaczymy ,co nam sie uda na jego przykladzie wyjasnić w tej kwestii-moze to byc pouczajace.
malgosi35 pisze:Dałam Ci niezbędne wskazówki. Transktrpcja nie kończy się na rozpoznaniu sekwencji promotorowej, jak również się do niej nie ogranicza. Sekwencja promotorowa może zostać nierozpoznana, mimo że jest. Mechnizmów jest wiele, część rozpoznanych i opisanych, część hipotetycznych.
O tym wszystkim szanowna Pani Małgorzato,myslę że trochę wiem.Pytanie ,jak ta wiedzę zastosować do konkretnych przykladów,bo przecież komórka E.coli nie stosuje tej ogolen wiedzy,ale ją konkretyzuje przy pomocy zintegrowanych i selektywnych mechanizmów-i takie poszukuję.Chyba to zbyt ambitny plan,ale może spróbujemy.
malgosi35 pisze:Występujesz z pozycji: wiem wszystko. Próby naprowadzenia Cię, traktujesz z wyższością i ironią (patrz cytat), lub jakoatak nasiebie. To chyba troszkę nie tak powinno być.
Ironie uwazam za cenny wklad w dyskusje ,aby nie byla ona taka sztywna,choc z mojej strony jest powsciagliwa.Nikogo tutaj nie traktuje z wyzszoscią,bo nie mam po temu podstaw.Jedynie niektore uwagi odpieram jako zlosliwe pouczanie,ale tak to czuję,tym bardziej ,że sa ogolnikowe.
Wciąż zapraszam do wspolnych poszukiwań na konkretnych przykładach.Jesli ktos sie poczuł obrazony przeze mnie ,to nie bylo to moja intencja ,i z gory przepraszam.
pozdrawiam
Awatar użytkownika
malgosi35
Posty: 3706
Rejestracja: 13 lut 2007, o 13:01

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: malgosi35 »

szymon pisze: Cytat:
Przykłady regulacji transkrypcji zwiazane z metylacją nie są zbyt liczne

Tak twierdzi specjalistka w tej dziedzinie- prof.Wolska.Może masz jakieś inne dane dobrze udokumentowane-z checia poznam ,bo piszesz np:

JakubikF napisał/a:
Źródła różnie podają, ale tak regulowanych genów jest około 300 (tzn. tyle naliczono, a może być więcej
Człowieku przestań wreszcie. My nie mówmy o regulacji genów przez metylację ale o metylacji jako mechaniźmie który reguluje to co właśnie ciebie interesuje. Czyli dlaczego pewne sekwencje zostają rozpoznawane jako promotorowe a inne nie
Ostatnio zmieniony 5 maja 2009, o 18:02 przez malgosi35, łącznie zmieniany 1 raz.
yeast
Posty: 2248
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36

[Link] Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: yeast »

szymon pisze:Jest wazna dla samego procesu transkrypcji,ale nie tlumaczy ,o ile wiem,samej inicjacji.
Ale juz termin abortive transcription moze. Inicjacja transkrypcji nie jest takie proste: przychodzi sobie podjednostka sigma, siada i wola reszte polimerazy i juz.

[ Dodano: Wto Maj 05, 2009 18:50 ]
szymon pisze:Wzór metylacji to owszem ma wpływ,ale na replikację.
Kurna, jak chcesz zrodla, to prosze, pierwszy lepszy link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1880 ... [quote]Dam methylation appears to regulate std transcription[/quote]
Awatar użytkownika
malgosi35
Posty: 3706
Rejestracja: 13 lut 2007, o 13:01

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: malgosi35 »

szymon pisze:za inicjację transkrypcji(a o tym,powtarzam,mówimy)
nie mówimy o inicjacji transkrypcji ale o tym czemu podobne lub identyczne sekwencje są rozpoznawane lub nie jako promotorowe.
Takie zadałeś pytanie.

Znalazleś jakieś sekwencje. Trudno ich nie znaleźć bo możliwego ułożenia 4 zasad nie ma znów tak dużo. Nie są one promotorami. Ty się upierasz że są i szukasz mechanizmu który powoduje że nie są one wykorzystywane jako promotory.
Ot i cała dyskusja. mam cię przekonywać, że guzikiem nie przyszytym do bluzki nie zapnę tejże bluzki
Ostatnio zmieniony 5 maja 2009, o 18:00 przez malgosi35, łącznie zmieniany 1 raz.
yeast
Posty: 2248
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: yeast »

szymon pisze:TF reguluja inicjację transkrypcji-to fakt.Tylko,co reguluje działanie TF w wiazaniu do okreslonego promotora.
Hm, wiazanie do innych sekwencji w okolicy miejsca startu transkrypcji? Ktorych mozemy nie znac, wiec nie przewidza ich cudowne programy?

[ Dodano: Wto Maj 05, 2009 18:57 ]
Poczekaj, a tak w ogole to jak ty definiujesz inicjacje transkrypcji? Bo jesli jako to, ze podjednostka sigma sobie siada na DNA, to tlumaczy czemu masz problem.
szymon
Posty: 73
Rejestracja: 12 wrz 2008, o 17:52

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: szymon »

malgosi35 pisze:My nie mówmy o regulacji genów przez metylację ale o metylacji jako mechaniźmie który reguluje to co właśnie ciebie interesuje. Czyli dlaczego pewne sekwencje zostają rozpoznawane jako promotorowe a inne nie
To chyba to samo?Problem z metylacją DNA u e.coli polega na tym,że a)obejmuje niewielką(w stosunku do wszystkich genów) udokumentowaną liczbę genów podlegajacą regulacji w ten sposóbb)niejasny pozostaje model tej regulacji-dlaczego takie ,a nie inne geny podlegaja tej regulacji-sama specyficzność metylazy nie wyjasnia tego.Metylacja jest raczej sygnałem dla holoenzymu RNAP,ale promotor i jego wybór wciąż pozostają niejasne tzn kryteria np.rodzaj sekwencji kanonicznej .


yeast pisze:Ale juz termin abortive transcription moze. Inicjacja transkrypcji nie jest takie proste: przychodzi sobie podjednostka sigma, siada i wola reszte polimerazy i juz. Poczekaj, a tak w ogole to jak ty definiujesz inicjacje transkrypcji? Bo jesli jako to, ze podjednostka sigma sobie siada na DNA, to tlumaczy czemu masz problem
W najprostszym ujęciu jest to przepisanie informacji genetycznej z DNA(kwas dezoksyrybonukleinowy) na mRNA (messenger RNA ).Kolejne trójki nukleotydów wzdłuż łańcucha DNA stanowią informacje o kolejności występowania określonych aminokwasów wzdłuż łańcucha polipeptydowego .Początek procesu transkrypcji polega na związaniu polimerazy RNA z odcinkiem pasma matrycowego DNA (promotorem).Ze względu na dużą liczbę miejsc inicjacji transkrypcji , polimeraza przeszukuje sekwencje nukleotydowe DNA z dużą prędkością . Natknąwszy się na promotor ,związuje się z nim za pomocą białka sigma .Aby mogło dojść do zapoczątkowania syntezy RNA na matrycy jednej z dwóch nici DNA .nici te musza ulec przejściowemu oddzieleniu . Właściwa inicjacja może być poprzedzona kilkoma inicjacjami poronnymi .Miejsce od którego rozpoczyna się synteza RNA nazywa się miejscem startu ,a odpowiednią parę nukleotydową oznacza się liczba +1.Polimeraza RNA przesuwając się wzdłuż łańcucha DNA wywołuje miejscowe topnienie i przedłuża koniec 3lancucha RNA
yeast pisze:Kurna, jak chcesz zrodla, to prosze, pierwszy lepszy link
Fajnie ,że dajesz link,ale cenniejsze by było ,gdybyś sama spróbowała sie odnieść do tego,co jest tam napisane w kontekscie problemu ,ktory poruszyłem.Artykuł dowodzi tego,że metylacja ma wpływ na inicjację transkrypcji(i to nie jest przedmiotem sporu) genów warunkujacych powstanie fimbrii adhezyjnych .Metylacja sekwencji GATC jest procesem epigenetycznym.Co istotne,sekwencje metylowane znajdują się 12 pz powyzej potencjalnego promotora,ale co reguluje aktywność metylazy i czym sie kieruje w wyborze właściwej GATC -mechanizm pozostaje niejasny.Czy komórka najpierw wybiera sensowny promotor,a potem dokonuje metylacji GATC,czy tez odwrotnie.
Przykładem takiego procesu u urapotogennych szczepów e.coli- jest wytwarzanie fimbrii typu Pap.Transkrypcja jest uzalezniona od metylacji 2 sekwencji GATC oznaczonych jako GATC-I i GATC-II.Znajdują się one w regionie regulatorowym wplywajacym na aktywność 2 rozbieżnych promotorów.Co ciekawe, sama metylacja GATC jest regulowana współzawodnictwem 2 białek :metylazy Dam i czynnika trans białka Lrp,które wiąże się w regionie regulatorowym,warunkując dostepność sekwencji GATC dla metylazy.Obraz komplikuje obecność dodatkowych TF: PapB i CRP.Więcej wBiologia.str.586.Trudno na tej podstawie budować jakiś spojny model inicjacji transkrypcji dla wielu innych promotorów sigma 70 ,gdzie nie ma metylacji GATC w rejonie promotora.Poza tym pytanie o wybór takich,a nie innych TF w tym procesie pozostaje aktualne ?Wiążą sie te wszystkie białka przed promotorem,ale wcześniej musi komórka wiedzieć ,ktory to ma być ,czyli wciąż jestesmy w punkcie wyjścia w naszych poszukiwanich
malgosi35 pisze:nie mówimy o inicjacji transkrypcji ale o tym czemu podobne lub identyczne sekwencje są rozpoznawane lub nie jako promotorowe.
W promotorach konstytutywnych,przewaznie jedno z drugim się wiąże:wybór promotora poprzeda inicjację transkrypcji,ale bardzo trafnie opisałaś problem,z ktorym tak udanie radzi sobie komórka,a my pozostajemy ,jak na razie bezsilni.
malgosi35 pisze:Znalazleś jakieś sekwencje. Trudno ich nie znaleźć bo możliwego ułożenia 4 zasad nie ma znów tak dużo. Nie są one promotorami. Ty się upierasz że są i szukasz mechanizmu który powoduje że nie są one wykorzystywane jako promotory.
Nie ja je znajduję,ale specjalistyczny program Bprom przetestowany na setkach promotorówTe sekwencje przed genem są z reguły trafnie przewidywane przez Bprom i pelnia rolę promotora,ale są tez inne w operonie,które program diagnozuje jako aktywne promotory(kanoniczność i odleglość bloków jest miernikiem optymalnosci),ale enzym ichnie widzi",ale dlaczego-to jest wysoce zagadkowe.Czesto te potencjalne,wewnetrze promotory są silniejsze niz ten wlaściwy.
malgosi35 pisze:Ot i cała dyskusja. mam cię przekonywać, że guzikiem nie przyszytym do bluzki nie zapnę tejże bluzki
Aluzji nie paniał i nie widzę zwiazku z tematem,ale dobrze ,ze humor Ci dopisuje
yeast pisze:Ktorych mozemy nie znac, wiec nie przewidza ich cudowne programy
Slyszałem o cudownych obrazach,a program jest dobry w bliskim obrębie startu genu.Może znasz lepszy pomysł na znajdywanie promotorów-czekam z utesknieniem.
Awatar użytkownika
malgosi35
Posty: 3706
Rejestracja: 13 lut 2007, o 13:01

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: malgosi35 »

(.) Chyba jestem promotorem. To ja jestem genem (.)

(.) Chyba jestem promotorem. ffklsjsdk cdsfjsdlkjs csdcsldcjsl(.)
yeast
Posty: 2248
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: yeast »

szymon pisze:obejmuje niewielką(w stosunku do wszystkich genów) udokumentowaną liczbę genów podlegajacą regulacji
Przemysl pogrubiony wyraz:P.

[ Dodano: Czw Maj 07, 2009 15:53 ]
szymon pisze:Metylacja jest raczej sygnałem dla holoenzymu RNAP,ale promotor i jego wybór wciąż pozostają niejasne tzn kryteria np.rodzaj sekwencji kanonicznej .
Czy wiesz w jaki sposob bialka, na poziomie strukturalnym, rozpoznaja inne makromolekuly?

[ Dodano: Czw Maj 07, 2009 15:58 ]
szymon pisze:W najprostszym ujęciu jest to przepisanie informacji genetycznej z DNA(kwas dezoksyrybonukleinowy) na mRNA (messenger RNA ).(.)Natknąwszy się na promotor ,związuje się z nim za pomocą białka sigma. Aby mogło dojść do zapoczątkowania syntezy RNA na matrycy jednej z dwóch nici DNA nici te musza ulec przejściowemu oddzieleniu. Właściwa inicjacja może być poprzedzona kilkoma inicjacjami poronnymi. Miejsce od którego rozpoczyna się synteza RNA nazywa się miejscem startu, a odpowiednią parę nukleotydową oznacza się liczba +1.
Czyli nie pytasz de facto o inicjacje transkrypcji, ale o mechanike i specyficznosc wiazania podejdnoski sigma 70 z kwasem nukleinowym. Ktora moze byc inna badana in vitro i in vivo. Badania wiazania sa zwykle prowadzone in vitro i ex vivo (np przez co-ip), natomiast in vivo zwykle da sie potwierdzic zajdzie ekspresji. Zastanow sie skad wziely sie twoje dane.

[ Dodano: Czw Maj 07, 2009 17:00 ]
szymon pisze:Wiążą sie te wszystkie białka przed promotorem,ale wcześniej musi komórka wiedzieć ,ktory to ma być ,czyli wciąż jestesmy w punkcie wyjścia w naszych poszukiwanich
a skad ci przyszlo do glowy, ze wszystkie bialka warunkujace transkrypcje wiaza sie po jednostce sigma?
szymon
Posty: 73
Rejestracja: 12 wrz 2008, o 17:52

Re: Inicjacja transkrypcji u E.coli

Post autor: szymon »

yeast pisze:szymon napisał/a:
obejmuje niewielką(w stosunku do wszystkich genów) udokumentowaną liczbę genów podlegajacą regulacji
yeast pisze:Przemysl pogrubiony wyraz:P.
Przemyślałem.Interesuje mnie głownie sytuacja w komórce(in vivo),czyli eksperymentalnie potwierdzone promotory ,miejsca inicjacji transkrypcji,miejsca wiazania TF.Na tych 2 pierwszych danych oparty jest min.program Bprom.Chciałbym,abysmy ustalili pewne fakty,co do ktorych się zgadzamy, a potem zastanowili jak je interpretować(np.ich przyczyny) i jakie wnioski z nich wypływają .
1.Faktem jest,że u E.coli( in vivo) nie udało się oznaczyć miejsc wiązania TF dla wiekszości promotorów sigma 70,co potwierdzają różne aktualizowane systematycznie bazy np:RegulonDb.
2.Faktem jest ,że u drożdzy (in vivo) udało się oznaczyć miejsca wiązania TF dla wiekszości genów,co potwierdzają różne aktualizowane systematycznie bazy np.

Kod: Zaznacz cały

yeastract.com/formsearchbydnamotif.php
Pytanie dla specjalistów:skąd ta rażąca dysproporcja?Metody służące wykryciu miejsc wiazania TF in vivo są mniej czułe u badaczy Ecoli niz wykorzystywane u badaczy drozdzy?Teoretycznie chyba powinno byc odwrotnie,bo genom drozdzy jest wiekszy
yeast pisze:Czy wiesz w jaki sposob bialka, na poziomie strukturalnym, rozpoznaja inne makromolekuly?
Nie to jest przedmiotem mojego pytania,ale jak potrafisz swoją wiedzę w tej materii wykorzystać do udzielenia mi odpowiedzi ,to tylko sie ucieszę-byle na konkretnych przykładach promotorów,bo jak na razie
,to sie ich nie doczekałem.Przeważaja wypowiedzi w stylu mentorskim,badż :różne czynniki wpływają na inicjacje,wielu ich nie znamy-to co znamy?
yeast pisze:Czyli nie pytasz de facto o inicjacje transkrypcji, ale o mechanike i specyficznosc wiazania podejdnoski sigma 70 z kwasem nukleinowym.
Specyficzność wiazania sigma 70 z kw.nukleinowym jest kluczowa(aspekty termodynamiczne,kinetyczne,strukturalne),ale o to pytam: czemu in vivo podobne lub identyczne sekwencje są rozpoznawane lub nie jako promotorowe.?
yeast pisze:Zastanow sie skad wziely sie twoje dane
Pisałem juz o tym.
yeast pisze:a skad ci przyszlo do glowy, ze wszystkie bialka warunkujace transkrypcje wiaza sie po jednostce sigma?
Nie napisałem tego.Stwierdziłem tylko,że bialka aktywujace transkrypcję wiążą się( najczęsciej) przed promotorem,a nie opisywałem tego procesu w czasie,jako sekwencji zdarzeń.W przypadkach z niedoskonałym blokiem -35 aktywator nawet na niego zachodzi.Prawdę mówiąc nie wiem jak to przebiega w czasie u różnych aktywatorów.W"Biologii"przeczytałem,że aktywator CRP umozliwia zwiazanie polimerazy z promotorem,czyli utworzenie kompleksu zamknietego,a więc w tym przypadku najpierw wiąże się CRP do specyficznej sekwencji,a potem holoenzym do promotora(?) Czy zawsze tak jest tzn u innych aktywatorów,a może jest tak ,że najpierw holoenzym wiąze sie słabo z promotorem,a obecność pózniej aktywatora umozliwia (ułatwia)inicjację transkrypcji?Raczej interpretowałbym to zdanie dając pierwszenstwo czasowe aktywatorowi,ale nie jestem tego pewny.
ODPOWIEDZ
  • Podobne tematy
    Odpowiedzi
    Odsłony
    Ostatni post

Kto jest online

Użytkownicy przeglądający to forum: Obecnie na forum nie ma żadnego zarejestrowanego użytkownika i 1 gość