dbSNP

[marcus2014]

Witam,
Na początku chciałem się przywitać, bo jestem nowym użytkownikiem.
Mam nadzieję, że nie powielam jakiegoś wątku, bo nie udało mi się znaleźć informacji na interesujący mnie temat.

Chodzi mi o bazę SNP na NCBI. Posłużę się jakimś przykładem, alby było mi łatwiej przedstawić problem. Mamy na to jakiś SNP np. rs1800872. W rubryce RefSNP Allels jest zaznaczone REV. Co dokładnie to oznacza? co oznacza reverse orientation to genom?
Drugie pytanie dotyczy wykrywania takiego polimorfizmu, bo kupując assay typu TaqMan, sekwencja rozpoznawana przez sondę leży na nici forward?
Wszytko by mi się zgadzało, że sondy wykrywają sekwencję fwd(top), że SNP zostały zgłoszonevna reversie(Bottom) to jest zmiana, ale jak ściągnąlem sekwencję referencyjną dla tego genu, to okazało się, że jest ona identyczna z sekwencją flankującą SNP podaną w formacie FASTA poniżej charakterystyki SNP i się pogubiłem.
Wyjaśni mi ktoś w jaki sposób prawidłowo odczytywać orientację SNP? i jak to się ma technicznie do jej wykrywania? jak prawidłowo przedstawiać wyniki? W jaki sposób odbywa się tworzenie sekwencji referencyjnej? Jakoś tak po kolei jak się zwiąść prawidłowo, za czytanie informacji zawartych w bazie:)
Z góry dziękuje, pozdr