Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Są wśród nas bakterie, wirusy, grzyby, cały świat mikro, o nich dyskutujemy na forum mikrobiologicznym
polanka
Posty: 6
Rejestracja: 14 lis 2009, o 20:03

Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: polanka » 14 lis 2009, o 20:17

Interesuje mnie jakie badanie laboratoryjne można przeprowadzić na fagach aby w jakiś sposób udowodnić tezę zawartą w tytule. Piszę pracę dyplomową na temat fagów jako alternatywy antybiotyków. Początkowo miała być to praca teoretyczna, okazało się jednak, że muszę rozszerzyć ją o projekt doświadczenia. :o Nie mam pomysłu... Może ktoś coś robił/robi i jest obeznany w temacie. Będę wdzięczna za wszelkie podpowiedzi. :)

Gibson
Posty: 11
Rejestracja: 7 paź 2009, o 12:15

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: Gibson » 15 lis 2009, o 16:31

Projekt doświadczenia?
Po prostu pewnie tak jak się bada wrażliwość na antybiotyki tak należałoby zbadać wrażliwość na fagi. Nie przeprowadza się tego dokładnie tak samo ale metody są podobne: szalka petriego, podłoże, dany drobnoustrój.

Tylko co Ty chcesz z tego wywnioskować?

yeast
Posty: 2892
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36
Lokalizacja: Gdansk

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: yeast » 15 lis 2009, o 19:04

Proste - wysiewasz bakterie na murawie i dla antybiotykow kladziesz krazki z kolejnymi rozcienczeniami, a dla fagow nakraplasz kolejne rozcienczenia. Inkubujesz i patrzysz na halo. Mozesz tez zabawic sie w hodowle plynne i sprawdzanie od oraz wysiewanie w roznych punktach czasowych.

PeReS
Posty: 142
Rejestracja: 14 cze 2009, o 18:41

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: PeReS » 16 lis 2009, o 17:57

Po pierwsze musialabys wiedziec jakie fagi wybrac tak zeby nie zabic naturalnie wystepujacej flory. Kolejna sprawa sposob aplikacji. Te doswiadczenia z krazkami i wysiewaniem powiedza conajwyzej w jakim stopniu zabojczy jest bakteriofag. Nie da sie tego jednak odniesc do organizmu zywego. Hodowla zakazona fagiem bedzie sie napewno zachowywac inaczej niz jak dodasz antybiotyk.
Jesli juz chcesz projekt ja bym raczej poszukal wlasnie doswiadczen na pokazanie "celnosci" terapii - zdolnosc do zabicia tylko patogennych bakterii wsrod calej "mieszanki", przypominajacej srodowisko jelita. Do tego skupilbym sie na hodowli plynnej - fag jest wieeeloooookrotnie wiekszy niz nawet duze antybiotyki, co przy braku mozliwosci ruchu ogranicza dyfuzje na takiej plytce i wielkosc przejasnienia powie... ze fag gorzej dyfunduje. Z hodowli plynnej mozesz monitorowac wzrost/stan na spektrofotometrze, liczyc ilosc zywych bakterii wysiewajac odpowiednie rozcienczenia po odpowiednim czasie na plytki, monitorowac wzrost i tempo namnazania faga.

polanka
Posty: 6
Rejestracja: 14 lis 2009, o 20:03

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: polanka » 17 lis 2009, o 00:52

PeReS pisze:Hodowla zakazona fagiem bedzie sie napewno zachowywac inaczej niz jak dodasz antybiotyk.
No jasne. Wiadomo, że jest zupełnie inny mechanizm działąnia faga a inny działania antybiotyku i nie ma co porównywać faga z antybiotykiem tylko raczej skuteczność ich działania w kontekście badań nad doborem terapii.

Więc załóżmy, że odtwarzam czy izoluję florę bakteryjną jelita grubego chorego prosiaczka zakażonego jakimś szczepem E.coli :) I robię testy wrażliwości na poszczególne fagi (które sobie wcześniej wyizolowałam) i testy wrażliwości na kilka wybranych antybiotyków a następnie określam w jakim stopniu podziałał antybiotyk a w jakim fag na bakterię patogenną oraz jak jeden i drugi na bakterie symbiotyczne (np. konkretnie na bakterie syntetyzujące witaminę K) Coś takiego może być?

Chodzi mi też o to żeby w jakiś sposób wykazać antybiotykooporność patogennego szczepu bakteryjnego i negatywne skutki działania antybiotyków o szerokim spektrum i postawić to w kontraście do fagów o wąskim spektrum działania powodującym rzadsze mutacje bakterii w kierunku oporności na te fagi.

polanka
Posty: 6
Rejestracja: 14 lis 2009, o 20:03

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: polanka » 17 lis 2009, o 01:00

Aha, i jeszcze odnośnie hodowli płynnej - inkubować w temperaturze odpowiedniej dla bakterii - czyli jeśli to w celach terapeutycznych u człowieka to 37C? Czy hodowla ma być na wytrząsarce czy nie ma takiej konieczności? Chorobcia, zastanawiam się, czy są jakieś publikacje na ten temat. Może ktoś studiuje i ma jakieś przewodniki do ćwiczeń w których są takie czysto laboratoryjne przepisy doświadczenia na fagach. Jakie podłoża, jakie temperatury, jaka szybkość wirowania przy izolacji itp.

yeast
Posty: 2892
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36
Lokalizacja: Gdansk

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: yeast » 17 lis 2009, o 19:37

W 37 stopniach w wytrzasarce. Co do poprzednikow sie zgadzam - to jest tylko wstepne doswiadczenie, trzea to oczywiscie potwierdzic jakos in vivo...

PeReS
Posty: 142
Rejestracja: 14 cze 2009, o 18:41

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: PeReS » 17 lis 2009, o 20:18

Slabo sie znam na mikrobiologii jako takiej.. Wydaje mi sie ze pierwsza rzecza to zorbienie hodowli odpowiadajacej naturalnej florze bakteryjnej albo ja przypominajaca. Podejrzewam ze jesli bedziesz miala standardowe LB jako podloze to E.coli bedzie sie na tyle szybko mnozyc, ze wyzre wszystko dla innych...ale moze byc inaczej, tego nie wiem. Jesli juz mialabys cos takiego to w tym momencie dodajesz patogenny szczep albo kilka szczepow, czy tez pojedynczo czy wszystkie na raz do hodowli no i trzeba dac im urosnac-to bylaby sytuacja "choroby" - jest zly bakcyl w duzej ilosci znaczy choroba. No i teraz zaczynasz terapie - antybiotyki o szerokim spektrum, waskim, wybrane fagi. Zeby sprawdzic skutecznosc terapii potrzebujesz sprawdzic ile bekterii zlych i dobrych przezylo - czyli pewnie wysiewanie takiej hodowli po odpowiednim czasie na podloza do selekcji danych szczepow i chyba zliczanie CFU - zywych bakterii (pewnie bedziesz to robic w jakis rozcienczeniach).
Jesli chodzi o przygotowanie lizatow fagowych to tez nie wiem, sam korzystalem z P1 i nie ma tam filozofii. Wg mnie najbardziej upierdliwe w Twoich doswiadczeniach bedzie ilosc zrobionych prob i to ze trzeba monitorowac stan w dluzszym okresie czasu. No i wez pod uwage dobre wybranie szczepow bakterii zarowno z naturalnej flory (oczywiste ze powinny to byc te wymieniane w podrecznikach) no i chorobotworcze, tylko zeby to byly bakterie wywolujace naturalnie wystepujace choroby. Jesli wybierzesz 100000% patogenny szczep ale taki ktory w srodowisku naturalnym nie ma szans na wywolanie choroby to troche slabo sie te badania nadadza do okreslenia skutecznosci takiej terapii ale nic straconego, bo pokaza ze jest ona w pewnym stopniu mozliwa(do dokladniejszego rozwiniecia potrzebne by byly genetyczne modyfikacje wirusow, a to rozumiem nie Twoja broszka). Bakterie wywolujace choroby normalnie sa w stanie konkurowac z naturalna flora ale tu tez jest pulapka - wiele fagow moze dzialac na nie tak samo dobrze jak na dobre bakterie.
Literatura musi gdzies byc bo pomysl nie jest jakas nowinka. Jesli chodzi o bakteriofagi wiem ze sporo jest danych z przemyslu spozywczego np mleczarski gdzie wykorzystuja bakterie na potege. Proponuje poszukac, w koncu to Twoja praca ;)
A no i skoro juz zaczelas... E. coli mozesz utluc bakteriofagiem lambda ale z tego co mi wiadomo wielu ludzi go ma, nie pamietam dokladnie ale zdaje sie ze ok 80% populacji ma przeciwciala skierowane przeciwko lambdzie ;)

polanka
Posty: 6
Rejestracja: 14 lis 2009, o 20:03

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: polanka » 18 lis 2009, o 11:16

Co do literatury to jest, ale nikt nie zdradza procedur. Ogólnie, teoretycznie bardzo pięknie można opisać samą terapię fagową, co się leczy, czym się leczy, nawet pojawia się problem nadmiaru materiałów i wyboru tego co potrzebne :]Poruszając ten wątek na forum chodziło mi o laboratoryjną stronę doświadczeń na fagach, jak to wygląda bo nie mam zielonego pojęcia. Miałam mikro, miałam wirusologię na studiach ale na fagach nie pracowałam i szukam pomysłu na doświadczenie.
PeReS pisze:do dokladniejszego rozwiniecia potrzebne by byly genetyczne modyfikacje wirusow, a to rozumiem nie Twoja broszka
No właśnie moja broszka gdyż jestem prawie biotechnologiem :) jednak prowadzący kazał mi się nie mieszać w genetykę bo mam za mało czasu.

Bo tak w ogóle to ta praca jest pracą inżynierską, która początkowo miała być zupełnie teoretyczna i taką zaczęłam pisać. Tydzień temu dziekan ogłosił, że wszystkie prace muszą być doświadczalne albo projektowe. I jest ogólny popłoch gdyż został miesiąc do oddania a nie mamy pomysłów. Mój promotor ma wszystko głęboko i kazał mi przyjść w grudniu ze względu na jego brak czasu. Zresztą nie istotne. Dzięki za rady!! Jakby ktoś coś jeszcze miał ciekawego do powiedzenia to dawajta! Może nie tylko ja skorzystam :)

Jakusz
Moderator w spoczynku
Posty: 2631
Rejestracja: 8 sty 2007, o 22:03

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: Jakusz » 25 lis 2009, o 09:42

PeReS, wydaje mi się, że jeśli chodzi o fagi to liczy się łysinki, a nie kolonie bakteryjne które przeżyły. To wydaje mi się sensowniejszym podejściem.

Moim zdaniem hodowanie całej flory jelitowej na płytce to też głupota, bo płytka to nie jelito i nie wyrośnie tam taka sama flora jak w jelitach. Lepiej byłoby badać osobno wszystkie gatunki i dobrać fagi tak, żeby działały na konkretne patogenne szczepy. Innymi słowy, w trakcie leczenia fagami, liczy się wyizolowanie patogena, dobranie do niego faga i rozpoczęcia leczenia.

Moim zdaniem porównanie działania antybiotyku i faga jest możliwe głównie in vivo, bo antybiotyk jest metabolizowany przez organizm człowieka i działa w określonym stężeniu. Fag natomiast działa na bakterie dość zero-jedynkowo. Jeśli jest specyficzny i przechodzi cykl lityczny, to będzie po prostu lizował bakterie.

PeReS
Posty: 142
Rejestracja: 14 cze 2009, o 18:41

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: PeReS » 27 lis 2009, o 21:52

a co sprawdzisz zliczajac lysinki faga? jak przelozysz skutecznosc terapii w organizmie, badajac wplyw faga na pojedynczy, wyizolowany szczep? czy fag bedzie tak samo zachowywal majac tylko jednego gospodarza do wyboru i kilku potencjalnych? czy skutecznosc terapii zalezy od innych bakterii flory jelitowej nie bedacych gospodarzami?

yeast
Posty: 2892
Rejestracja: 5 lip 2007, o 16:36
Lokalizacja: Gdansk

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: yeast » 28 lis 2009, o 11:48

najpierw musisz sprawdizc czy twoj patogen jest wrazliwy na faga i w jakim stopniu. Dopiero potem mozesz sie zastanawiac co sie dzieje in vivo. Nikt nie skacze najpierw do badan na myszach.

polanka
Posty: 6
Rejestracja: 14 lis 2009, o 20:03

Re: Bakteriofagi jako alternatywa antybiotyków

Post autor: polanka » 11 sty 2010, o 02:00

Czy ktoś wie na jakim podłożu najlepiej przeprowadzić badanie wrażliwości na fagi Staphylococus aureus oraz Staphylococcus intermedius ????

ODPOWIEDZ
  • Podobne tematy
    Odpowiedzi
    Odsłony
    Ostatni post

Kto jest online

Użytkownicy przeglądający to forum: Obecnie na forum nie ma żadnego zarejestrowanego użytkownika i 0 gości